テスト性の向上や管理コストの低減のために、最近ではPoP(Package-on-Package)構造が多用されるようになってきました。PoP構造によるSiPでは、子パッケージの外部端子割り当て最適化などのために、全体レイアウトを把握しながら各パッケージのFSを進める必要があります。この要請に応えるためGemPackageでは超階層設計機能（パッケージ階層を越えて設計作業を行う機能）を搭載しています。

　GemPackageでは、ひとつのパッケージのデータに別パッケージのデータを搭載することができ、組み合わせた状態でそれぞれのパッケージの検討を進めることができます。配線データを選択すると、同ネットのデータがパッケージ境界を越えて強調表示されます（上図）。

　PoP機能を有しない他社システムとの連繋のために、子パッケージを別データに分離したり、再結合したりする機能も備えており、再結合する際に親子のインタフェイス部分の矛盾点を検査したり、矛盾点を修正するために子から親へ、あるいは親から子へ、ネット変更や外部端子の配置変更を伝播することが可能です。